Петербургские ученые нашли способ повысить точность программ для расшифровки биополимеров
Современные методы секвенирования ДНК, РНК и других биополимеров открывают большие возможности для изучения различных свойств живых организмов. Примером практического применения этих методов является расшифровка геномов вирусов, без которой крайне сложно подобрать эффективные лекарственные вещества. Большое значение также имеет декодирование такого многочисленного класса биологических соединений как пептиды: на их основе, в частности, иммунные системы живых организмов «собирают» антитела для борьбы с болезнями. Для секвенирования любого пептида, то есть определения его первичной структуры, применяют два основных метода. Первый подразумевает, что исследуемое вещество уже было описано учеными, и тогда его структуру можно найти в одной из существующих баз данных. Второй называется de novo секвенированием – он используется для расшифровки биополимеров с неизвестной ранее структурой. Хотя последний метод является значительно более быстрым способом расшифровки пептида, он менее точен, и поэтому ученые разрабатывают алгоритмы, которые позволяют оценить надежность предсказания с помощью de novo. Научная группа в составе ученых СПбГЭТУ «ЛЭТИ», Алферовского университета и Санкт-Петербургского государственного университета провела исследование в рамках госзадания Минобрнауки РФ. «В случае применения de novo секвенирования, как правило, мы получаем целый набор потенциальных вариантов первичной структуры пептида. Для определения того, какое из предсказаний является наиболее надежным, мы разработали специальный алгоритм. Он может быть встроен в программное обеспечение для расшифровки биополимеров», – рассказывает доцент кафедры математического обеспечения ЭВМ СПбГЭТУ «ЛЭТИ», заведующая кафедрой биоинформатики Алферовского университета Кира Вяткина. В основе нового алгоритма лежит разработанный научной группой метод валидации (проверки корректности результата), который оценивает надежность результатов de novo секвенирования. Он анализирует не только аминокислотный состав, но и массы различных фрагментов пептида. Эксперименты с тестовыми белками показали, что такой способ позволяет надежно исключить ошибочные варианты de novo структуры исследуемых пептидов. Измерения пептидов проводились на одном из наиболее широко используемых в мире масс-спектрометров Thermo Fisher Obritrap (прибор для определения состава и структуры вещества). Для обработки информации и выполнения de novo секвенирования использовалась программное обеспечение Twister, разработанное ранее Кирой Вяткиной, в которое новый алгоритм был успешно встроен и далее работал в автоматическом режиме. «Методы валидации результатов de novo секвенирования, несомненно, будут востребованы учеными, поскольку это позволит повысить эффективность их исследований. Однако у разработки есть и практические аспекты. Так, методы повышения точности алгоритмов найдут применение, например, при анализе антител, которые вырабатываются в живых организмах. На основе антител фармацевтические компании разрабатывают современные лекарственные средства. Однако аминокислотные последовательности антител напрямую не записаны в геноме, поэтому специалистам из фарминдустрии требуется регулярно пользоваться методами и алгоритмами секвенирования пептидов и белков», – поясняет Кира Вяткина. Результаты исследования опубликованы в научном журнале Proteomes.
В конце апреля завершился приём творческих работ для участия в четвертом международном творческом конкурсе «#НеМагия: Биотех». Напомним, что конкурс проводится АНО «Живой город»
Сегодня, 27 апреля, в Алтайском государственном аграрном университете в рамках проекта «Поколение АГРО» прошли два мастер-класса для школьников по правильному приготовлению пельменей и натурального мороженого
26 апреля в Алтайском государственном аграрном университете прошла IV Всероссийская (национальная) заочная научно-практическая конференция «Кадастр недвижимости, геодезия, организация землепользования: Опыт практического применения»
В завершающий день Регионального этапа Чемпионата высоких технологий в компетенции «Агроботы (агророботы) (юниоры)» его участники посетили Алтайский государственный аграрный университет
25 апреля в Алтайском государственном аграрном университете в рамках федерального проекта «Платформа университетского технологического предпринимательства» состоялся тренинг предпринимательских компетенций для студентов вуза
На базе Алтайского государственного аграрного университета состоялось совещание Всероссийского Совета молодых ученых и специалистов аграрных вузов по Сибирскому и Дальневосточному федеральным округам.
25 апреля в Алтайском государственном аграрном университете состоялась Национальная научно-практическая конференция «Агрострахование, как механизм компенсации ущерба сельхозтоваропроизводителей»
Сегодня, 25 апреля, в Алтайском государственном аграрном университете состоялся научно-консультационный семинар «Правило 4К. Кормозаготовка. Кормление. Комфорт. Кадры», организованный совместно с компанией «SPICA». Семинар прошел в новом коворкинг-пространстве, созданном компанией для студентов университета
25 апреля в Алтайском государственном аграрном университете состоится Национальная научно-практическая конференция «Агрострахование, как механизм компенсации ущерба сельхозтоваропроизводителей»
18 апреля студенты Алтайского государственного аграрного университета приняли участие в прошедшем в Барнауле международном круглом столе для молодых ученых «Роль целины в развитии Алтайского края РФ и северо-восточных регионов Казахстана: история и современность»
Сегодня, 18 апреля, в Алтайском государственном аграрном университете состоялась III Международная научно-практическая конференция «Современные аспекты производства и переработки сельскохозяйственной продукции»
Учёные Тольяттинского государственного университета (ТГУ) вывели на качественно новый уровень технологию плазменно-электролитической обработки. Это позволит управлять её производительностью и свойствами керамических слоёв, формируемых на поверхности изделий, применяемых в энергетическом и химическом машиностроении, медицине и других областях промышленности, а главное, надёжно прогнозировать ожидаемые эффекты от варьирования параметров обработки.
Пандемия COVID-19 вызвала значительные изменения в энергетическом секторе по всему миру. Исследование, проведённое специалистами Тольяттинского государственного университета (ТГУ) выявило усиление роли частных лиц в производстве и распределении энергии, при этом потреблять энергию люди стали более осознанно.
24 апреля на опытном поле Алтайского государственного аграрного университета в окрестностях Барнаула пройдет мероприятие, посвященное демонстрации возможностей беспилотных авиационных систем в сельском хозяйстве – авиасалон «АлтайАгроБАС-2024»
